아울러 김 총장은 "각급 검찰청에서는 지방선거에 영향을 미치지 않도록 모든 사건의 수사를 최대한 신중하게 진행함으로써 검찰의 정치적 중립에 관한 불필요한 오해나 논란이 발생하지 않도록 할 것"이라고 지시했다.

앞서 서울서부지검 형사2부는 이날 오전 서울친환경유통센터와 가락동 농수산식품공사, 식품공사 산하 양곡관리소 등 3곳을 전격 압수수색했다.

검찰은 전 유통센터장 A씨와 직원 2명이 친환경 식재료를 납품하는 배송협력업체로부터 향응을 받은 혐의(뇌물수수)를 포착해 수사 중이다.

친환경유통센터는 최근 서울시장 선거전의 쟁점으로 떠오른 '농약급식'과 관련된 기관인 점에서 정치권에서는 검찰이 선거에 영향을 주려는 것 아니냐는 '관권선거' 의혹이 제기됐다.

야당 의원들은 이날 대검찰청을 항의 방문하는 등 파장이 확산됐다.

대검 측은 "서울서부지검은 통상적인 사건으로 생각하고 수사를 진행한 것으로 보이는데 불필요한 오해가 증폭된 것 같다"며 "그런 측면에서 검찰이 어떠한 오해를 받아서는 안된다는 의지의 표명으로 받아들여달라"고 말했다.

대검 측은 또 "서울서부지검은 학교 급식물에 농약이 잔류돼 있는지 여부를 둘러싼 박원순 서울시장과 정몽준 시장 후보 간의 최근 토론 상황이나 오늘 박 시장이 유통센터를 방문하려던 일정에 대해서는 알지 못했다"고 해명했다.